Ngày 16/8/2013, Uỷ ban nhân dân tỉnh đã ban hành Quyết định số 1412/QĐ-UBND thành lập Trung tâm Nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao trên cơ sở tổ chức lại Trung tâm Giống nông nghiệp trực thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn. Trung tâm đặt trụ sở tại ấp Phước Thạnh, xã Tam Phước, huyện Châu Thành, tỉnh Bến Tre.

        Theo quy định tại Quyết định này, Trung tâm Nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, có tư cách pháp nhân, có con dấu, tài khoản tại kho bạc Nhà nước và ngân hàng thương mại theo quy định của pháp luật.

        Trung tâm Nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao có chức năng nghiên cứu, khảo sát để tiếp nhận và từng bước thử nghiệm, ứng dụng, sản xuất và chuyển giao các loại hình sản xuất ứng dụng công nghệ cao vào một số ngành hàng chủ lực ở vùng sinh thái nước ngọt và lợ của Bến Tre.

        Một trong những nhiệm vụ  của Trung tâm Nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao là thực hiện các hoạt động nghiên cứu ứng dụng, thử nghiệm, trình diễn mô hình sản xuất nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao (bao gồm: nghiên cứu mới, thử nghiệm, khảo nghiệm, nghiên cứu hoàn thiện công nghệ, xây dựng và trình diễn các mô hình sản xuất nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao; nghiên cứu sản xuất giống cây trồng chất lượng cao theo công nghệ tiên tiến).

         Khảo nghiệm, chọn lọc; sản xuất và cung ứng các loại giống cây trồng, giống vật nuôi, giống thủy sản; dự phòng giống khi có thiên tai xảy ra; ứng dụng tiến bộ kỹ thuật, quy trình công nghệ sản xuất tiên tiến về giống cây trồng, vật nuôi, thủy sản; tiếp nhận, lưu giữ giống gốc, bảo tồn nguồn gen giống cây trồng, vật nuôi của tỉnh.

            Đào tạo nguồn nhân lực công nghệ cao cho ngành nông nghiệp của tỉnh trên cơ sở nhân lực hiện có của ngành, đồng thời  mời gọi nhân lực trình độ cao về nghiên cứu và làm việc.

          Tư vấn, chuyển giao công nghệ, phổ biến nhân rộng những mô hình sản xuất nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao tới hộ nông dân và các doanh nghiệp sản xuất nông nghiệp trong tỉnh.

        Cung cấp thông tin và hỗ trợ nông dân tiêu thụ sản phẩm nông nghiệp công nghệ cao. Tổ chức trưng bày, giới thiệu sản phẩm; cung ứng vật tư thiết bị chuyên ngành và tư vấn dịch vụ giống nông nghiệp.

       Tùy điều kiện cho phép và tùy vào khả năng mang lại hiệu quả tiến hành sản xuất hoặc liên kết sản xuất các sản phẩm ứng dụng công nghệ cao để góp phần định hướng thị trường, định hướng việc tiêu thụ sản phẩm.

         Về cơ cấu tổ chức, Trung tâm có Giám đốc và không quá 3 Phó Giám đốc. Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm Giám đốc và các Phó Giám đốc Trung tâm được thực hiện theo tiêu chuẩn chuyên môn, nghiệp vụ được pháp luật quy định và theo phân cấp quản lý của Ủy ban nhân dân tỉnh.

        Trung tâm có các phòng chuyên môn, nghiệp vụ, như Phòng Tổ chức Hành chính Tổng hợp; Phòng Kỹ thuật; Phòng Kế hoạch Cung ứng; Phòng Nghiên cứu thực nghiệm nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao.

       Ngoài ra, Trung tâm còn bao gồm các trại giống trực thuộc như: Trại giống cây ăn trái Châu Thành; Trại giống lúa Ba Tri; Trại heo giống Châu Thành; Trại giống thủy sản Cadet Bình Đại; Trại giống thủy sản Thới Thuận; Trại giống thủy sản Sơn Đông.

       Tổng số lượng người làm việc của Trung tâm Nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao theo đề án vị trí việc làm đã được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt. Ngoài ra, Giám đốc Trung tâm cũng được  ký hợp đồng lao động theo quy định của pháp luật.

              Theo đó, khu vực chính của trung tâm được hình thành trên cơ sở nâng cấp, mở rộng Trung tâm Giống nông nghiệp Bến tre hiện hữu tại xã Tam Phước, H.Châu Thành với diện tích trên 7 ha; gắn với các công trình vệ tinh phụ trợ như: trại giống lúa, trại giống thủy sản nước mặn, trại giống thủy sản nước ngọt… (tổng diện tích trên 35 ha) được bố trí tại các huyện trong tỉnh.

       Tổng kinh phí đầu tư xây dựng trung tâm trên 32 tỉ đồng với mục tiêu đến năm 2016, ít nhất ứng dụng và chuyển giao được 4 quy trình công nghệ cao trong sản xuất nông nghiệp.